JR貨物では、モーダルシフトを進めるためのインフラ整備を、国や地方自治体等のご支援を受けて行っています。
インフラ整備は、線（路線）と点（駅）の2つの整備に大別されます。

・線の整備
　まず、需要の高い東京から西向きのルートの輸送力増強として、そこを走る貨物列車の長編成化（1,300トンけん引化）に対応するためにインフラ整備を行いました。1998年に東海道線において電力設備や待避線設備、駅構内配線を整備する「東海道コンテナ貨物輸送力増強事業」が完成、2007年に山陽線において変電所の新設・増強や待避線の延伸を行う「山陽線鉄道貨物輸送力増強事業」が完成、2011年に貨物ターミナル駅の改良、待避線の延伸を行う「鹿児島線（北九州・福岡間）鉄道貨物輸送力増強事業」が完成し、東京・福岡間に貨物鉄道輸送の「太い背骨」を通すことができました。
また、東京から北向きのルートの輸送力増強として、首都圏における北の玄関口である隅田川駅の改良を行いました。2017年に着発線・荷役線の延伸、コンテナホームの拡幅、機関車留置機能の整備等を行う「隅田川駅鉄道貨物輸送力増強事業」が完成し、東北・北海道方面への輸送力増強が可能となりました。
この他、2001年に京葉地区からの輸送力増強、輸送時間短縮を図る「武蔵野線・京葉線貨物列車走行対応化事業」が完成しています。

・点の整備
　九州島内における効率的な中継輸送及び福岡地区の貨物鉄道の増送を図るため、2002年に「北九州貨物ターミナル駅」を新設しました。