ＪＲ貨物では、モーダルシフトを進めるためのインフラ整備を、国や地方自治体等の御支援を受けて行っています。
インフラ整備は、線（路線）と点（駅）の2つの整備に大別されますが、線の整備については、特に需要の高い東海道線・山陽線・鹿児島線を中心に輸送力の増強（貨物列車の長編成化（1,300トンけん引化））を行なっています。
平成10年には、東海道線において、電力設備や待避線設備、駅構内配線を整備する「東海道線コンテナ貨物輸送力増強事業」（東京貨物ターミナル駅〜吹田信号場間）が完成し、平成19年には、山陽線において、変電所の新設・増強や待避線の延伸を行う「山陽線鉄道貨物輸送力増強事業」（吹田信号場〜北九州貨物ターミナル駅間）が完成しました。
平成19年からは鹿児島線（北九州貨物ターミナル駅〜福岡貨物ターミナル駅間）において、貨物ターミナルの改良、待避線の延伸を行う「鹿児島線（北九州・福岡間）鉄道貨物輸送力増強事業」に取り組み平成23年3月に完成しました。この事業の完成により、東京貨物ターミナル駅〜福岡貨物ターミナル駅間において、輸送力の増強が図られ、日本列島に太い背骨が通りました。
この他、平成13年には、京葉地区からの輸送力増強、輸送時間の短縮を図る、「武蔵野線・京葉線の貨物列車走行対応化事業」が完成しました。

平成21年からは常磐線隅田川駅において、着発線・荷役線の延伸、コンテナホームの拡幅、機関車留置機能の整備等を行う「隅田川駅鉄道貨物輸送力増強事業」を、平成24年度の完成に向けて進めているところです。これにより、首都圏における北の玄関口である隅田川駅の改良が図られ、東北・北海道方面の輸送力増強が可能となります。
点の整備については、平成11〜14年度には、九州島内における効率的な中継輸送及び福岡地区の鉄道貨物の増送を図るため、「北九州貨物ターミナル駅」を新設しました。